Au total ce sont 370 espèces d'oiseaux qui ont été recensées à ce jour en Bourgogne. Le dernier atlas régional fait état de 186 espèces nicheuses. 6 espèces qui encore étaient connues nicheuses récemment (dans les années 2000) sont aujourd'hui considérées comme éteintes (par exemple le Butor étoilé et la Pie-grièche grise) et 58 figurent sur la liste rouge des oiseaux menacés de Bourgogne.
Les menaces d'origine anthropique sont diverses, on peut citer parmi les plus importantes les pratiques agricoles défavorables (traitements, retournement de prairies, arrachages de haie...), la dégradation et la destruction de zones humides (ces milieux étant occupés par une avifaune très riche et diversifiée), certaines méthodes de gestion forestière (coupes rases, enrésinement massif, intensification de l'exploitation, coupe des vieux arbres...), le dérangement par la fréquentation humaine (activités de pleine nature notamment) et la chasse et la destruction directe par collision routière, braconnage, destruction volontaire des nids...) . Les conditions météorologiques et leur évolution ont par ailleurs un impact non négligeable sur bon nombre d'espèces.
Quelques espèces, profitant des changements climatiques ou d'actions de conservation particulières en France, ont à l'inverse fait leur apparition en Bourgogne depuis les années 2000. On peut citer à titre d'exemple la Fauvette mélanocéphale ou le Balbuzard pêcheur.
Les importants efforts d'inventaires et de suivis fournis par différentes associations bourguignonnes ont permis d'améliorer la connaissance sur la répartition des espèces et d'évaluer leur statut régional, travaux valorisés dans le cadre de la réalisation d'un atlas des oiseaux nicheurs de Bourgogne et de l'élaboration de la Liste rouge régionale.
Réseaux
Oiseaux rares et menacés de France : Cécile DETROIT (SHNA-OFAB) est coordinatrice régionale pour le suivi national des populations nicheuses de Bécassine des marais.
Réseau "Petites chouettes de montagne" : Cécile DETROIT (SHNA-OFAB) est coordinatrice régionale pour le suivi national des populations de Chouette de Tengmalm et Chevêchette d'Europe (partie Morvan).
