En 1995, une dynamique régionale a vu le jour avec la création du Groupe Chiroptères Bourgogne sous l’impulsion du Parc naturel régional du Morvan. Ce groupe est coordonné depuis 1998 par la SHNA-OFAB qui est la structure régionale référente sur les Chiroptères en Bourgogne.

Composé actuellement d’une soixantaine de personnes, naturalistes bénévoles et structures associatives bourguignonnes, le Groupe Chiroptères Bourgogne mène des actions sur ces mammifères en région et s’intègre dans une coordination nationale de la Société Française pour l’Etude et la Protection des Mammifères (SFEPM).
Il participe activement à l’amélioration des connaissances sur ces espèces et à leur protection.

Les actions menées en Bourgogne sur les chauves-souris concernent aussi bien l’amélioration des connaissances (inventaires, suivis, études), la protection (protection des sites, aménagements de combles, conventions de gestion) que la sensibilisation du public (animations, formation, articles de presse...).

En 1998, la SHNA-OFAB a mis en place un Plan régional d’actions chauves-souris (PRAC) avec la collaboration du Parc naturel régional du Morvan. Ce plan s’est déroulé sur la période 1998-2003 dans le cadre des Fonds Européens d’Orientation et de Garantie Agricole (FEOGA).
Le PRAC a permis d’améliorer considérablement les connaissances sur les sites et les espèces en Bourgogne. La prospection des bâtiments publics des 2046 communes de Bourgogne a été réalisée afin d'améliorer les connaissances sur la répartition et le statut des espèces utilisant les bâtiments pour la mise bas. Un travail similaire a été mené au niveau des sites d'hibernation avec une prospection des cavités souterraines de la région qui se poursuit toujours à l'heure actuelle.

Un important travail de bibliographie a également été mené afin de retrouver les données et les connaissances historiques. Ce plan représente un travail considérable d’inventaire régional par prospection estivale et hivernale entrepris entre 1998 et 2003. À la suite de ce plan, de nombreux sites d’hibernation et de mise bas font l’objet de suivis annuels afin d'avoir des éléments pour évaluer l'évolution des populations dans l'avenir.

Un second Plan régional d'actions pour les chauves-souris en Bourgogne s’est déroulé de 2011 à 2015 afin de poursuivre les actions d'inventaires, de protection et de sensibilisation. Ce plan découle du Plan national d'actions en faveur des chiroptères.

Le PRAC a permis également de dynamiser et d’animer le « SOS chauves‑souris ». Grâce à cette démarche d’information et de sensibilisation du grand public, la destruction directe de ces espèces protégées par méconnaissance est limitée.

De nouveaux sites accueillant des Chiroptères sont trouvés chaque année grâce au réseau SOS, notamment des colonies de mise bas dans des sites privés où les prospections sont habituellement plus difficiles à conduire (accès limité et accord des propriétaires).

Chaque année, des démarches pour la conservation des chauves-souris sont menées sur les ouvrages d’art et dans le cadre des SOS.