Une partie des 25 espèces de chauves-souris connues en Bourgogne fréquente les milieux bâtis au cours des différentes périodes de l'année. Elles forment en été des colonies, ce qui les rend plus facilement détectables.

En été, les mâles et les femelles des différentes espèces de chauves-souris se séparent. Les femelles se regroupent en colonie pour pouvoir mettre au monde leur unique petit de l’année. À cette période, les mâles sont quant à eux, plutôt solitaires ou vivent en petits groupe de mâles à l’écart de ces colonies.

Cependant, se regrouper en colonie possède de nombreux avantages. Ainsi, elles peuvent se tenir chaud lorsque les conditions thermiques ne sont pas favorables, cela permet également de bâtir un système de garderie. Ainsi quand les femelles adultes quittent le gîte pour chasser les insectes la nuit, un roulement est effectué au sein de la colonie pour qu’il y est toujours des adultes pour surveiller les jeunes qui ne volent pas encore.

Pour mettre bas, les chauves-souris ont besoin de conditions très particulières :

• De la chaleur car les jeunes naissent sans poil et ils sont incapable de se réguler thermiquement. Elles n’utilisent pas de matériaux mais seulement un espace qui peut être plus ou moins volumineux. Cela va du vaste comble non utilisé à l’espace réduit derrière un volet, sous les tuiles ou encore entre les poutres d’un linteau de porte. Le confinement ne les dérange pas bien au contraire, elles aiment se blottir les unes contre les autres.
• Une autre condition essentielle au maintien d’une colonie de mise bas chez soi est l’absence de dérangement.

La recherche de chauves-souris dans les milieux bâtis en été permet d’améliorer les connaissances sur le statut et la répartition des différentes espèces bourguignonnes (actuellement 25 sont recensées dans la région). De plus, cela permet d’identifier les zones à enjeux où sont présentes les populations reproductrices de ces espèces. Ces informations sont utiles car elles permettent par la suite, de mieux protéger ces espèces. Dénombrer les individus est important pour connaître l’importance de la colonie. Ce comptage peut se faire directement dans le gîte lorsqu’il est accessible (en prenant une photo par exemple pour minimiser le dérangement) ou lors de l’envol des chauves-souris à la tombée de la nuit.