L’ordre des lépidoptères se décompose en deux sous-ordres, les rhopalocères et les hétérocères. Les premiers sont les papillons dits « de jour  » ; ce sont les papillons les plus étudiés par rapport aux papillons dits « de nuit  ». Le cortège bourguignon se compose de 151 espèces de papillons de jour, en incluant le groupe des zygènes (hétérocères volant de jour).
Leur développement larvaire dépend étroitement de plantes dont se nourrissent les chenilles ; certaines espèces sont parfois spécialisées sur une seule plante qui elle-même peut être rare. Ils sont directement impactés par la dégradation de leurs habitats, en particulier les zones humides et pelouses sèches ; les changements de pratiques agricoles et sylvicoles tendent à homogénéiser le paysage et ainsi le cortège floristique qui en dépend, faisant régresser les espèces moins généralistes. Certaines espèces pourraient néanmoins bénéficier du changement climatique pour accroître leurs populations et leur aire de répartition. Dix espèces sont très menacées (en danger critique d’extinction en Bourgogne).
La SHNA-OFAB s’intéresse aux lépidoptères depuis le siècle dernier ce qui a permis l’acquisition de connaissances suffisantes pour publier un Atlas des papillons de jour de Bourgogne et Franche-Comté en 2013. Une liste rouge des rhopalocères et zygènes a également été publiée en 2012. Les actions réalisées dans le cadre de l’OFAB concernent surtout les espèces menacées de milieux humides. D’autres actions sont menées sur les milieux secs dans la continuité du travail réalisé pour l’atlas.